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干貨分享 | 比較基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)的概念研究方法及其優(yōu)缺點(diǎn)

組學(xué)研究按照分析目標(biāo)不同主要分為基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、代謝組學(xué)研究。

基因組學(xué)研究的主要是基因組DNA，研究方法目前以二代測序?yàn)橹鳎瑢⒒蚪M拆成小片段后，再用生物信息學(xué)算法進(jìn)行迭代組裝。隨后還有繁瑣的基因注釋等數(shù)據(jù)分析工作。

轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的是某個(gè)時(shí)間點(diǎn)的mRNA總和，可以用芯片，也可以用測序。芯片是用已知的基因探針，測序則有可能發(fā)現(xiàn)新的mRNA。

蛋白組學(xué)針對的是全體蛋白，主要以2D-Gel和質(zhì)譜為主，分為top-down和bottom-up分析方法。研究理念和基因組類似，將蛋白用特定的化學(xué)手段分解成小肽段，在通過質(zhì)量反推蛋白序列，而后進(jìn)行搜索，標(biāo)識已知未知的蛋白序列。

代謝組分析的代謝產(chǎn)物，是大分子和小分子的混合物，主要也是用液相和質(zhì)譜。

總而言之，這些技術(shù)都想從全局找變量，都是一種top-down的研究方法，原因很簡單：避免”只緣身在此山中”的尷尬。

但因?yàn)榧夹g(shù)局限，都各有缺點(diǎn)，尤其是轉(zhuǎn)錄組和蛋白組數(shù)據(jù)，基本上轉(zhuǎn)換以前一直認(rèn)為的mRNA水平能代替蛋白水平的觀念，因?yàn)檫@兩組數(shù)據(jù)的重合度太低。

所以目前很多研究都開始使用交叉驗(yàn)證方法，無論如何，都需要對數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，有經(jīng)驗(yàn)的分析往往能化腐朽為神奇。